サブオーダー
サブオーダーとは、各インターミッションで直前のシナリオで未出撃のパイロットを対象に、別任務に出す事でボーナスを獲得できるシステムです。
任務は以下の４種類があり、『第２次スーパーロボット大戦Ｚ』では各任務５人ずつ、最大２０人が参加していましたが、本作では６人ずつ、最大２４人が参加可能になっています。
トレーニング
参加した各パイロットがＰＰを２０獲得します。
ＰＰとは、インターミッションの「パイロット養成」で、パイロットのパラメータの上昇や、
特殊スキルを修得するのに使用するポイントです。
パトロール
参加した各パイロットは撃墜数２を獲得します。
シミュレーター
参加した各パイロットが経験値５００を獲得し、レベルが１上がります。
資金調達
参加したパイロットのレベルの合計×３００の資金を獲得します。
